El área geográfica donde actualmente se encuentra el poblado de Puerto Morelos, presenta vestigios de asentamientos de la cultura maya pertenecientes al Cacicazgo de Ekab, cuya influencia política abarcó desde Cabo de Catoche hasta Tulúm.
En la zona costera del poblado, existían dos estructuras mayas prehispánicas que fueron destruidas para utilizar sus rocas en la construcción del faro que fue inclinado por el huracán Beulah en 1967. Este faro inclinado es el emblema actual de Puerto Morelos.
Su historia moderna comienza hacia finales del siglo XIX, en el año 1898 al fundarse la Compañía Colonizadora de la Costa Oriental de Yucatán, debido a la necesidad de encontrar una salida al mar para exportar sus productos, la compañía ordenó a sus trabajadores abrir brecha de la Hacienda de Santa María (hoy Leona Vicario) hacia el suroeste, poco a poco los trabajadores llegaron al Mar Caribe y bautizaron el punto como “Punta Corcho”, estableciendo las primeras familias un campamento en chozas muy rudimentarias.
La compañía era dueña de un barco de vapor que llegaba cada mes anclando en el Mar Caribe, al no existir un muelle para atracar, las maderas y otros productos forestales eran arrojados al mar y en pequeñas lanchas los productos eran rescatados y subidos por medio de sogas de henequén al barco. Al paso del tiempo se construyen una bodega y un muelle de madera dando nacimiento a un nuevo poblado que con el tiempo se llamaría Puerto Morelos.
Los productos extraídos y exportados de la selva eran palo de tinte, chicle, vainilla, tabaco, cedro y corcho.
El 2 de octubre de 1975 se publicó en el Diario Oficial de la Federación, la aprobación de una superficie de 3,337 hectáreas para el poblado de Puerto Morelos, para el establecimiento de servicios públicos, parques, mercados, panteones, rastros, cárceles y otros servicios.
Históricamente los primeros pobladores de Puerto Morelos eran en su mayoría, originarios de Tuxpan, estado de Veracruz. A principios de los años setenta sucedió una fuerte inmigración de habitantes de Chemax, estado de Yucatán. A mediados de los años setenta y principio de los ochenta debido a la apertura turística la inmigración fue de todas partes del país y del extranjero.
Puerto Morelos comienza a progresar y se convierte no sólo en el puerto natural más antiguo de Quintana Roo, sino en el más importante de todo el estado.
En la década de los ochenta los puertomorelenses participaron en la conservación del arrecife, pero en 1995 la comunidad de Puerto Morelos integrada por pescadores, prestadores de servicios, investigadores, técnicos, ambientalistas, grupos de transportistas, grupos de productores y sociedad civil, consideraron imprescindible para el sano y equilibrado desarrollo de la sociedad local y regional, la conservación de este patrimonio natural y trabajaron organizadamente en las gestiones para que el arrecife fuera decretado Parque nacional. El 2 de febrero de 1998 se firmó el decreto que declara el área natural protegida denominada Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos.
En el trayecto de los truckes de la Hacienda Santa María (hoy Leona Vicario) a Punta Corcho, se fueron estableciendo diversos campamentos y centrales: El campamento Rémula, La Tuxpeña, Santa Matilde y Central Vallarta (asentamiento actualmente poblado fue a principios del siglo XX un campamento chiclero).
Hoy en día esta ruta Leona Vicario-Central Vallarta-Puerto Morelos esta pavimentada y por ella se accede a diversos cenotes, los cuales se nutren por ríos subterráneos casi todos ellos pueden ser visitados, y nadar en sus aguas rodeados de una selva exuberante es una experiencia única.
El 18 de Junio de 2011, se publicó en la Gaceta Oficial del Municipio de Benito Juárez, la Declaración de creación de la Alcaldía de Puerto Morelos, como órgano descentralizado auxiliar de la administración pública del Municipio de Benito Juárez, Quintana Roo.
